HMDB

About the Database

Metabolite data form Human Metabolome Database (HMDB) (Version 3.6, release 2016.02.21) was downloaded and the records for 41924 metabolites were entered into the MFSearcher database.

The accurate molecular weight was re-calculated during the data loading into MFSearcher. Please be careful the mass values could be different from the original data.

Last updated.

データベースの概要

Human Metabolome Database (HMDB) (Version 3.6, リリース2016.02.21) で公開されている代謝産物データをダウンロードし、MFSearcherに搭載しました。41924化合物のデータが収録されています。

精密質量は、MFSearcher登録時に再計算されています。オリジナルデータベースとは値が異なることがありますので、ご注意ください。

レコード数・最終更新日

Output Example

This is a part of results in "txth" format.

出力例

outputパラメーターでtxthを指定した結果の抜粋です。

Search Test

# db-name molecular-formula dbe formula-weight id description
HMDB C30H28O7     0.0 500.1835032493 HMDB30489 Artonol C
HMDB C25H31O5S1F3 0.0 500.1844297004 HMDB05036 Fluticasone
HMDB C25H31O5S1F3 0.0 500.1844297004 HMDB14726 Fluticasone Propionate
HMDB C27H32O9     0.0 500.2046326215 HMDB30043 Isoaustin
HMDB C26H35O6F3   0.0 500.2385734503 HMDB14432 Travoprost
HMDB C28H36O8     0.0 500.2410181268 HMDB30127 Withaperuvin E
HMDB C26H44O9     0.0 500.2985330043 HMDB14554 Mupirocin
HMDB C21H40O6N8   0.0 500.307081069  HMDB05770 Tuftsin
HMDB C21H40O6N8   0.0 500.307081069  HMDB05776 Kentsin
HMDB C30H44O6     0.0 500.3137891374 HMDB33234 Ganoderic acid beta
HMDB C28H44O4N4   0.0 500.3362559224 HMDB30199 Frangulanine
db-name HMDB
dbe 0 (not caclulated)
id HMDB ID

Search Limit: 100

The maximum record number that returns for a single query is 100 as default. The number can be set to a smaller one by setting the "limit" parameter.

When the number of search results exceeds the maximum number, the value of "is-limited" will be set to "true". It means that not all of the search results were written in the returned text, so please be careful to discuss about the results.

The "is-limited" value is written in the returned text when the "output" parameter has been set to "txth" or "xml".

検索件数の上限:100

一度の検索で返されるデータ数の上限はデフォルトで100件です。件数の上限はlimitパラメーターでこれよりも小さくすることができます。

検索結果が上限数を超えた場合は、outputパラメーターでtxthまたはxmlを指定していた場合、is-limitedの値がtrueとなります。これは、本来検索されるべきデータがまだ残っていることを意味していますので、ご注意ください。

Updating Schedule

Not planned.

データベースの更新予定

予定はありません


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ホームへ: MFSearcherの使い方の詳細は、こちらをご参照ください