About the Database

HR2, which is one of the fastest tools for calculation of elemental compositions, filters some elemental compositions according to the Seven Golden Rules (Kind and Fiehn, 2007). The ExactMassDB-HR2 (EX-HR2) database returns the same result as does HR2 with kinds and maximum numbers of atoms listed below.

データベースの概要

HR2は組成式計算が可能な最も速いツールの一つです。HR2は、Senior則、Lewis則の他、Seven Golder Rules (Kind and Fiehn, 2007)に基づいた候補組成式の絞り込みを 行います。ExactMassDB-HR2 (EX-HR2)は、下記に示す元素およびその上限数で、HR2と同じ絞り込みを適用した組成式候補をデータベース化したものです。

Last updated.

Our previous survey demonstrated that 95.65% of the compounds in the Dictionary of Natural Products , 186,788 compounds in the range 50-1500 Da) consist of C, H, O, N, P and S within the ranges C: 1-95, H: 1-182, N: 0-10, O: 1-45, P: 0-6 and S: 0-5 (Iijima et al., 2008). Thus we chose the atom kinds and numbers listed above for construction of EX-HR2. It was estimated that 99.5% of the compounds consisting of C, H, O, N, P and S in KEGG and 99.1% in KNApSAcK were within the criteria. The database would cover most of the natural compounds.

As the exact mass values for the elemental compositions are re-calculated with the atom list we used, they could be different from the original output of HR2.

レコード数・最終更新日

以前調査した結果では、Dictionary of Natural Productsに含まれるC, H, O, N, P, Sで構成される化合物（186,788化合物、50-1500 Da）のうち、95.65%が、C: 1-95, H: 1-182, N: 0-10, O: 1-45, P: 0-6, S: 0-5の範囲で構成されることが分かりました（Iijima et al., 2008）。そこで、EX-HR2データベースの構築には、これよりも広い原子数設定をしました（上記）。この原子数の範囲は、C, H, O, N, P, Sから構成されるKEGG登録化合物の99.5%、 KNApSAcK登録化合物の99.1%をカバーしていたので、EX-HR2は、ほとんどの天然物の組成式を網羅していると考えられます。

組成式の精密質量は、こちらの原子質量リストに従って再計算されているため、HR2が出力するオリジナルの値と異なっている場合があります。

Search Limit: 100

The maximum record number that returns for a single query is 100 as default. The number can be set to a smaller one by setting the "limit" parameter.

When the number of search results exceeds the maximum number, the value of "is-limited" will be set to "true". It means that not all of the search results were written in the returned text, so please be careful to discuss about the results.

The "is-limited" value is written in the returned text when the "output" parameter has been set to "txth" or "xml".

検索件数の上限：100

一度の検索で返されるデータ数の上限はデフォルトで100件です。件数の上限はlimitパラメーターでこれよりも小さくすることができます。

検索結果が上限数を超えた場合は、outputパラメーターでtxthまたはxmlを指定していた場合、is-limitedの値がtrueとなります。これは、本来検索されるべきデータがまだ残っていることを意味していますので、ご注意ください。

Output Example

Here is a part of results when "txth" is selected for the "output" parameter.

出力例

outputパラメーターでtxthを指定した結果の抜粋です。

Updating

Not planned.

データベースの更新予定

予定はありません

Download

-The elemental compositions and their exact mass values registered in the EX-HR2 database.

exhr2.tar.gz (1.43 GB)
# records：　236,633,779
File size： 8.83 GB (after decompression)

-The sample mass list used for the evaluation of EX-HR2.

samplemasslist.zip (175 KB)

ダウンロード

-EX-HR2データベースに登録した組成式とその精密質量値のデータです。

exhr2.tar.gz (1.43 GB)
組成式数：　236,633,779
展開後サイズ： 8.83 GB

-EX-HR2の評価で使用したマス値ファイルです。

samplemasslist.zip (175 KB)